All’inizio dell’età del bronzo i coloni dell’Asia Minore giunsero sull’isola e si unirono alla popolazione presente, andando a sviluppare quella che è conosciuta come la “Cultura delle Cicladi”. Gli uomini di questo periodo lavoravano il marmo e la pietra ed erano dediti al commercio via mare.

Durante la tarda Età del Bronzo, Sifnos era sotto l’egemonia culturale e commerciale dei Minoici di Creta. Si pensa che i Corinzi fondarono la città chiamata Minoa, ma non ne abbiamo ancora le testimonianze certe.

Nel 1400 a. C. l’esplosione del vulcano di Santorini distrusse i maggiori centri della civiltà minoica, mentre i Micenei divennero la potenza dominante della zona e utilizzarono le isole come punti di collegamento e contatto verso il vicino oriente; in questo modo la popolazione autoctona si mischiò molto con quella Micenea. 

Intorno al 1100 a. C. Sifnos fu colonizzata dagli ionici di Attika, guidati dal loro coppiere Alkenor che divenne il primo sovrano dell’isola.

E’ durante l’VIII° secolo a. C. che i villaggi in Grecia iniziarono a crescere, sulla terraferma e sulle isole. Sifnos era in questo periodo sotto il dominio della vicina Milos. Fu allora che sull’isola fu scoperto l’oro: la capitale fu pavimentata in marmo pario e fu costruito un tesoro a Delfi. Una leggenda narra che ogni anno i Sifniot presentavano un uovo d’oro al Dio Apollo. Un anno invece, presi dal senso di colpa per il troppo sfarzo, donarono un uovo che non era interamente in oro, ma semplicemente placcato. Il Dio se ne accorse, e preso dall’ira, distrusse le miniere. Fu sempre in questo periodo che i pirati di Samian saccheggiarono l’isola. Con le ricchezze acquisite, si impossessarono dell’isola di Hydra. Quando le miniere di Sifnos non ebbero più metalli preziosi, l’isola si impoverì molto.

Nel V° secolo a. C. Sifnos faceva parte dell’alleanza greca che sconfisse i Persiani a Maratona, Salamina e Platea. Sifnos divenne parte della Lega di Delo e passò sotto l’autorità di Atene. Durante le guerre del Peloponneso, Sifnos riuscì a rimanere fuori dal conflitto. Nel 338 l’isola cadde sotto l’influenza di Filippo di Macedonia. Quando i persiani lo catturarono nel 332, Alessandro Magno mandò uno squadrone per espellerli dall’isola. Quando Alessandro Magno morì e l’impero fu diviso tra i suoi generali, Sifnos finì sotto l’influenza dei Tolomei d’Egitto, fino al 146 a. C., quando essi caddero sotto Romani.

Nel 395 d. C. quando avvenne la divisione dell’impero romano, Sifnos andò a far parte della metà orientale. Mentre i barbari dal nord attaccavano l’impero, i Greci persero il controllo dei mari e Sifnos fu saccheggiata da pirati arabi, veneziani e bizantini.

Nel 1207 Sifnos era sotto l’autorità di Marco Sanudo, nipote del Doge di Venezia, che si era dichiarato duca di Naxos. Nel 1261 l’isola entrò a far parte dell’impero greco di Nicea. Nel 1307 lo spagnolo Antonio da Corogna si dichiarò signore di Sifnos e lo governò dalla città di Kastro. Successivamente l’isola fu donata a Nicolas Gozzadino di Bologna.

Nel 1537 Suleiman il Magnifico ordinò al Kapitan Pasha Khaireddin Barbarossa di combattere i Veneziani nell’Egeo. Egli riuscì ad espellere i Gozzadini. Un accordo con i Sifniots concesse la loro incolumità in cambio di un tributo annuale. Nel 1568 i Gozzadini tornarono a possedere Sifnos. Nel 1617 i turchi occuparono nuovamente Sifnos e governarono fino al 1830, ad eccezione del periodo della guerra russo-turca (1768-74), quando fu occupata dalla flotta russa.

Durante la ribellione del 1821, quando i Greci si organizzarono per liberarsi dalla dominazione turca, l’isola inviò un contingente di combattenti sotto Nikolas Chrysogelas per unirsi alla ribellione. In risposta, il turco Pasha attraccò la sua flotta a Sifnos. I turchi furono sconfitti dai Greci con l’aiuto delle grandi potenze nella battaglia di Navarino.

Nel 1829 la Grecia divenne uno stato sovrano sotto la protezione delle grandi potenze.